フラット３５への借換えを昨年末ギリギリに行ったため、楽天銀行の残高証明書が年末調整（年明けの再年末調整）の締切タイミングに間に合わず、確定申告することになります。
確定申告するにあたっては、2年目以降会社へ提出する、①給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書（平成24年分）と②確定した源泉徴収票、③新しい借換え先（楽天銀行）の残高証明書を添付して、確定申告すればよいだけです。
還付金の振込先の金融機関・口座名の記入も忘れずに。
確定申告はこちらのサイトより源泉徴収票に記載されている各項目の金額と給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書で計算した還付金額を転記することにより、自動で確定申告用紙（ＰＤＦ形式）が作成されます。これをプリントアウトして最寄りの管轄する税務署へ郵送するだけでＯＫです。
還付に関しては2月16日～3月15日の確定申告時期ではなく、1月からでも受け付けているため早めに申告することで混み合う時期を避けることができます。
ただし、給与所得以外のある方はまとめて確定申告する必要がありますので注意しましょう。
例えば医療控除を同時に受けたい場合や雑収入のある方でたとえ収入－経費の所得が20万円以下で申告が不要の場合であっても、所得税の計算に関係するためすべて申告する必要があります。この場合は所得金額が増えるため、年末調整で控除を受けるよりも還付される金額が少なくなってしまいますので注意しましょう。
私の場合、年末に借換えをしたため、楽天銀行から残高証明書が1月25日に郵送されてきました。
住宅ローン控除が年末調整に間に合わなかったため、自分で確定申告することになりました。
通常だと1ヵ月から1か月半は還付するまでかかるようです。
※3/2追記
3月1日（金）に税務署より入金がありました。問い合わせ時に税務署の方が言っていた事前にはがきによる通知は特にありませんでした。申告より約4週間での入金でした。
※3/4追記
入金後、「国税還付金振込通知書」の葉書が郵送されてきました。通常は入金前に送付されてくるようですが今回は3/4（月）着。振込手続と同時発送だったのだと思います。
↓ これまでの住宅ローン借換えの記録もご参考までにご覧ください。
◆はじめての住宅ローンフラット35への借換え融資実践記
住宅ローン フラット３５へ借換の記録その１
フラット35借換えの取扱い窓口を探す
フラット35借換えの窓口 三社三様
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