会社員の場合、通常11月～年末にかけて行われる年末調整の時にあわせて住宅ローン控除を申請します。
初年度だけは確定申告が必要ですが、それ以降は9年分まとめて送付されてくる「給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書」の当該年度分申告書を金融機関から送付される残高証明書とともに提出することで住宅ローンの控除を受けることが可能です。
ただ今回の私のように年末ぎりぎりのタイミングで借換融資を行った際は、特に注意が必要です。
年末ぎりぎりのタイミング（12月下旬）で借換融資を実行した場合、新規借入先からの残高証明書は翌年1月の下旬に郵送されてくるため、年末調整提出後の再年末調整の期限にも間に合いません。
したがって自分で確定申告をする必要があります。
借換えをした場合のローン控除の注意点とは？
また同時に勤め先の年末調整担当に連絡をして、旧借入元の残高証明で行った住宅ローン控除の申請を取り消す必要があります。
取り消すことによって一旦控除された金額は給与より差し引かれる形になりますが、確定申告をおこなうことで後日還付されることになります。
尚、還付のタイミングは申告から1ヵ月～1か月半程度はかかるようですが、税務署より還付のお知らせが届くそうです（eTAXでは３週間程度に短縮）
還付に必要な書類としては、まず一度会社に提出して返却された「給与所得者の住宅借入金等特別控除申請書」の金額を訂正して再提出します。
その他必要な書類としては、源泉徴収票（最新のものですので１月末あたりに勤め先に発行依頼をかけます）と新規金融機関から送付される「借入金の年末残高証明書」の３点をセットにして、確定申告サイトで書類を作成して還付金の振込先を記入し管轄する税務署へ提出します。
もし医療控除等、他の確定申告を行う際はまとめて申請します。
借換えの場合は新規借換えのローン期間が10年以上であることも条件です。
つまり、借換えによってローン期間が例えば9年となると住宅ローン控除を受けることはできなくなるので注意が必要です。詳しくは以下をご覧ください。
【参考サイト】 国税庁 No.1233 住宅ローン等の借換えをしたとき
以下、抜粋。
[平成24年4月1日現在法令等]
住宅の取得等に当たって借り入れた住宅ローン等を金利の低い住宅ローン等に借り換えることがあります。
住宅借入金等特別控除の対象となる住宅ローン等は、住宅の新築、取得又は増改築等のために直接必要な借入金又は債務でなければなりません。したがって、住宅ローン等の借換えによる新しい住宅ローン等は、原則として住宅借入金等特別控除の対象とはなりません。
しかし、次のすべての要件を満たす場合には、住宅借入金等特別控除の対象となる住宅ローン等として取り扱われます。
1 新しい住宅ローン等が当初の住宅ローン等の返済のためのものであることが明らかであること。
2 新しい住宅ローン等が10年以上の償還期間であることなど住宅借入金等特別控除の対象となる要件に当てはまること。
この取扱いは、例えば、住宅の取得等に係る知人からの借入金を銀行の住宅ローン等に借り換えた場合や、償還期間が10年未満の住宅ローン等を償還期間が10年以上となる住宅ローン等に借り換えた場合であっても同じです。
なお、住宅借入金等特別控除を受けることができる年数は、居住の用に供した年から一定期間であり、住宅ローン等の借換えによって延長されることはありません。
借換えによる新たな住宅ローン等が住宅借入金等特別控除の対象となる場合には、次の金額が控除の対象となる住宅ローン等の年末残高となります。
1 A≧Bの場合
対象額=C
2 A<Bの場合
対象額=C×A/B
A=借換え直前における当初の住宅ローン等の残高
B=借換えによる新たな住宅ローン等の借入時の金額
C=借換えによる新たな住宅ローン等の年末残高
(措法41、措通41-16)
